分子对接是一种计算化学方法，它通过模拟受体与药物分子之间的相互作用，进行药物设计。它主要研究分子间（如配体和受体）的相互作用，并预测其结合模式和亲合力。近年来，分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
分子对接方法的两大课题是分子之间的空间识别和能量识别。空间匹配是分子间发生相互作用的基础，而能量匹配则是分子间保持稳定结合的基础。在计算几何匹配时，通常采用的方法有格点计算、片段生长等；而能量计算则常使用模拟退火、遗传算法等方法。
分子对接方法分为三类：刚性对接、半柔性对接和柔性对接。刚性对接指在对接过程中，受体和配体的构象不发生变化，适合研究比较大的体系如蛋白-蛋白之间以及蛋白-核酸之间，计算相对简单，主要考虑受体和配体之间的契合程度。半柔性对接常用于小分子和大分子的对接，在对接过程中，小分子的构象可以在一定范围内变化，但大分子是刚性的。这样既可以在一定程度上考察柔性的影响，又能保持较高的计算效率。柔性对接方法一般用于精确研究分子之间的识别情况，由于允许对接体系的构象变化，可以提高对接准确性，但耗时较长。
分子对接的应用广泛，起初主要用于药物设计和发现，后来在酶发现与催化领域也被广泛应用。例如，在酶底物筛选中，分子对接可以通过计算小分子化合物和酶之间的相互作用能，预测它们之间的结合模式和亲和力，从而筛选出具有潜在催化活性的化合物，为酶底物的发现提供理论指导。