虚拟筛选（virtual screening, VS）是指在进行生物活性筛选之前，利用高性能计算机上的药物设计软件模拟目标靶点与候选药物之间的相互作用，计算两者之间的亲和力大小，从而提高从数据库中发现先导化合物或药物的效率。传统的实体药物筛选方法普遍存在以下缺陷：样品量大、成本高、速度慢、效率低、阳性率低（< 0.1‰）。与之相比，虚拟筛选方法具有高效、快速和经济等优势。采用高通量虚拟筛选（High-throughput Virtual Screening，HTVS）方法可从天然产物、多肽、小分子等数据库（如约20万个可购买化合物的SPECS库）中快速筛选出具有全新结构的可购买的药物分子，提高新药研发成功率、降低成本、缩短研发周期、加快上市率。阳性率一般在10%~30%。
